在前篇的最后，我们曾简略叙述了公元1500年顷居于咸海北的乌兹别克人南下进入萨马尔罕，开创了所谓昔班尼王朝的情况。这时兀鲁伯时代的萨马尔罕遭到了破坏的厄运，变成一片废墟。这从目睹此事的《巴布尔自传》中可看到。侵入的乌兹别克族不久虽在花刺子模和希瓦建立单独的汗国，但其势力远比不上前朝。诸方草原游牧民不在其治下，并不断袭击定居民众。其后之中央亚细亚成为割据诸方的未开化的回教徒小君主争夺势力的舞台，从而该地区所有地方都呈现出停滞不前状态，失掉了呼吸异族先进文明气息的机会。加之，这个时期世界情况的变化也加剧了中亚的孤立隔绝状态。
当昔班尼汗家进出两河地方时，恰值欧洲发现东方航路、以葡萄牙为先锋通过海路往来东方之时。从此以后，中央亚细亚就失去了它在东西交通史上过去所具有的意义。如果此地能象蒙古时代那样，整顿交通和其设施以减轻行旅困难，那么东方航路的发现或许会推迟，或者东方航路即使被发现，中亚在东西交通史上的作用也不至于马上丧失。但不幸的恰在这时，中亚丧失了统一，陷于混乱不安的状态中，所以无人甘愿冒危险和困难选取中亚这条道路了。
凡某一民族的文化发展与衰退，在多数场合下要视其与其它民族有无接触，这已成为一般的原则。当帖木儿王朝维持统一势力时，和文化发达的四邻诸国民族的接触就密切，当陷入隔绝状态时中亚文化就渐次衰落下去。而这时期曾陷入隔绝状态的欧洲文化却得到了显著发展。继文艺复兴后，欧洲在17、18世纪时，科学和文化有了长足的进展。之后由于18、19世纪时发生了产业革命和科学的进步，欧洲文化面貌遂之一新。而直接、间接与欧洲失去接触的中央亚细亚关于这些几无所知，依然处于旧日的状态中，而远离了近代文明圈。
在此期间，地接俄国和中国的中亚民族，虽与这些国家有某种程度的交往，但到底未能受到大的文化影响。而这些国家也因各种事务未能进而伸其势力于此。所以中世纪以后明代记录中关于中亚事情不过只留下一些暧味不明的记载，而当时俄国的有关材料则更贫乏。例如咸海作为与里海不同的湖水首次出现在十七世纪末莱梅佐夫（Remezov）的地图上。在东方，清朝由于对准噶尔之战争渐次扩展其势力于此．西方俄罗斯在经营西伯利亚之后向南发展，直到19世纪，特别是其后半期臣属霍占德（Khojand）、布哈尔、希瓦等汗国时为止，中亚地区一般就处于如上的隔绝形势中。在此；之间其内部更益发浸透伊斯兰教的信仰，不论城市或草原地带都一律涂上了伊斯兰教色彩，在政治、社会和文化上都被置于在当地具有势力的伊斯兰教宗教人士的控制之下。俄罗斯与上述三汗国之攻掠争夺，清朝与东部中亚之纷扰，都是出于这些伊斯兰教穆斯林之意图。在这种停滞、犹如黑暗时代之后，迎来新时代的曙光时，中央亚细亚已落在时代后面太远了。最后，当其东部归居清朝，西部归属俄罗斯后，才开始接触了近代文化。关于这期间的文化及其政治史，将留待另一机会加以考察。